Truyền thuyết kể rằng, bởi chùa nằm ở thế “sơn chỉ, thủy giao”, hai bên đều có gò đất lớn án ngữ tựa hình thanh long, bạch hổ. Chẳng thế mà thuở đất nước có giặc ngoại xâm, bà Lăng Thị Tiêu trên đường hội quân với vua Hùng Vương thứ 7 đánh giặc thấy thế đất lạ nên đã dừng chân tại đây để chiêu binh đánh giặc. Sau này bà được tôn phong là Quốc Mẫu Tây Thiên, để tưởng niệm bà, người dân lập bài vị thờ Quốc Mẫu tại chùa, gọi là Đức Thánh Đại Vương. Chùa Hà Tiên trở thành nơi đặc biệt khi vừa là điểm kính ngưỡng Phật pháp đồng thời là nơi thờ tự Quốc Mẫu.
Do sự biến động đổi thay, cho đến khoảng giữa thế kỷ XX, chùa Hà bị hủy hoại hoàn toàn, đến khoảng những năm 60, 70 của thế kỷ XX, nhân dân địa phương tận dụng những cơ sở công trình công cộng, bài trí tượng Phật, các đồ pháp khí còn lại làm nơi lễ Phật, cố gắng gìn giữ nơi chùa cảnh xưa để phục vụ nhu cầu tâm linh, tín ngưỡng của nhân dân trong vùng, vì thế chùa Hà tuy bị hủy hoại nhưng pháp luân vẫn luôn chuyển trong tâm thức của nhân dân, của Phật tử gần xa, luôn kính ngưỡng về suối nguồn đạo đức, tâm linh.
Không gian chùa hiện nay đã được trùng tu xây dựng lại với quy mô lớn, Qua Tam quan từ phía Đông Nam tới tả hữu môn, vòng quanh hành lang tới Tam Bảo, kiến trúc không gian mô phỏng tòa Bảo tháp 3 tầng. Từ sân lên đến chùa, phải bước qua 9 bậc thềm, gọi là “Cửu trùng”. Mái chùa uốn cong 4 góc, trên nóc có “Lưỡng Long Triều Nguyệt”. Phía sau là nhà thờ tổ, đối xứng hai bên có nhà tiếp khách và phòng trưng bày. Phật đường và nhà Mẫu cao lồng lộng, uy nghi, thể hiện sự vĩnh cửu, thanh tịnh và thiêng liêng. Mặt tiền sảnh là bộ cánh cửa bằng gỗ tứ thiết, chạm trổ công phu, phía trên đặt chấn song con tiện, bên dưới tạc phù điêu tứ quý cách điệu. Ván bưng áp mái, chạy suốt mặt tiền đại điện, có 5 khuôn chữ lớn, nét khắc tinh xảo và mẫu mực. Ba mặt tiền sảnh, tả vu và hữu vu chùa đều có hành lang và dựng cột đá lập phương liền khối, chạm trổ hoa văn uyển chuyển.
Đặc biệt, chùa Hà Tiên còn có một tên khác là “chùa cầu mưa”. Ngày xưa trong vùng thường xuyên hạn hán khiến đất đai cằn cỗi, cây cối tàn lụi. Người dân sống dựa vào nông nghiệp lâm vào cảnh đói khát, phải bỏ làng đi tha hương cầu thực. Tận mắt chứng kiến những khổ nạn đó, vị trụ trì chùa khi ấy là Tịnh Huân đã cho lập đàn tự hóa để cầu mưa. Theo đó, sư Tịnh Huân đã nguyện tự thiêu để cầu mưa cho dân vào ngày 30/5 âm lịch. Sau khi phát nguyện trước Tam Bảo và đất trời, ngài đã tọa trong tư thế kiết già. Ngọn lửa thiêu đốt báu thân nhưng hai bàn tay ngài thì vẫn còn nguyên hình dáng. Ngài tự thiêu để cúng già chi thiên, cầu đảo cho dân. Ngài thiêu hôm 30/5 thì 1/6 mưa lớn, mưa kéo dài liên tiếp 3 ngày. Người dân địa phương cho hay, đến ngày giỗ của vị sư tổ, trời thường đổ mưa. Dân trong vùng tránh nạn hạn hán, mùa màng tươi tốt, đời sống no ấm quanh năm. Ghi nhận công ơn của bậc chân tu, người dân đã dựng ngôi tháp bảo ba tầng để lưu trữ tro cốt của ngài.
Hiện trong vườn mộ tháp của chùa có tất thảy tới 8 ngôi. Phần lớn những bảo tháp này hiện vẫn còn vẹn nguyên với 3 tầng chính. Tháp cao khoảng 3m, có 4 mặt, được dựng bằng gạch nung đỏ kết dính bằng một loại nguyên liệu tổng hợp từ nhựa cây kết hợp với đất sét nhão. Dù 8 ngôi đều lưu giữ báu thân của các vị cao tăng, tuy nhiên, ở khu vực tồn tại tháp của ngài Tịnh Huân lại đặc biệt hơn do phần lớn khu vực được bao phủ bởi một cây sanh. Cây sanh này có rất nhiều rễ, bao trùm gần trọn 3 mặt phụ của bảo tháp. Trải qua nhiều thế kỷ cùng bao nắng dãi mưa dầm, cây sanh vẫn hiên ngang sừng sững như vậy.
Trong chùa còn có giếng cổ được nhiều người biết đến thường gọi giếng Ngọc nổi tiếng có dòng nước ngọt lành. Trải qua bao năm tháng, hiện giếng đã được sửa sang với thành xây kiên cố. Xưa, vào mùa hạn thì giếng đào cạn, đục không thể dùng được, người dân trong làng lại phải ra giếng cổ múc nước về ăn. Giếng ở chùa Hà Tiên có tiếng “trong xanh, mạch thủy nhiệm màu” nên các cụ xưa vẫn lưu truyền câu ví von: “Dù ai có xấu như ma/ Uống nước chùa Hà lại đẹp như tiên”. Hàng năm, hễ vào những ngày lễ lớn, khách thập phương ghé chùa lễ Phật xong đều xin nước ở giếng Ngọc, đem về thắp hương và uống.
Sự đan xen hài hoà của cảnh quan, không gian tĩnh mịch kiểu dáng kiến trúc riêng biệt cùng một bề dày lịch sử tạo nên tầm vóc của một di tích lịch sử văn hóa lớn. Chùa Hà Tiên là điểm dừng chân không thể bỏ qua của du khách trong chuyến hành trình: Vĩnh Yên, Tây Thiên, Tam Đảo.
