Lịch sử ngôi chùa này gắn liền với bà Lê Thị Thợ (1818-1899). Bà sinh ra trong một gia đình nghèo khó, bố mẹ mất sớm, để kiếm tiền nuôi hai em nhỏ bà làm nghề thợ may. Sau này, bà lấy người chồng thường xuyên rượu chè. Chán nản, bà vào chùa Tây An ở chân núi Sam xuống tóc đi tu, lấy pháp danh Diệu Thiện.
Sau một thời gian ở chùa Tây An, bà cảm thấy không phù hợp với mình nên vào năm 1850 bà rời chùa Tây An tìm một chốn thanh tịnh để tu hành. Khi leo lên núi Sam, bà gặp một cái hang cách chùa Tây An 1km, liền dựng một cái am bằng tre lá. Đây chính là tiền thân của Chùa Hang An Giang.
Điều lạ lùng chính là khi bà đến, bên trong hang núi sâu có đôi mãng xà to lớn dị thường nhưng lại không tỏ ra hung tợn mà ngoan ngoãn nằm nghe giảng kinh.
Dần dần, đôi mãng xà được cảm hóa, thường đến ăn đồ chay, trông chừng thú dữ, kẻ gian, bảo vệ chốn tu hành của bà Thợ. Bà đặt tên chúng là Thanh Xà và Bạch Xà (rắn Xanh và rắn Trắng).Vào năm 1899, bà Thợ viên tịch, thọ 81 tuổi, lúc này đôi mãng xà cũng bỗng dưng mất tích.
Dù khó có thể kiểm chứng về độ thực hư, giai thoại về đôi mãng xà, chùa Hang là một câu chuyện giàu ý nghĩa về khả năng cảm hóa chúng sinh - gồm con người và muôn loài - của Phật pháp.
Sau này, để tránh nguy hiểm cho người dân, hang núi mà đôi mãng xà từng sống được lấp kín, chỉ chừa lối đi vào sâu khoảng 10 mét. Theo thời gian, nhân dân quanh vùng quyên góp tiền của xây lại chùa khang trang.
Ngày nay, chùa Hang là một ngôi chùa được du khách gần xa biết đến với kiến trúc độc đáo và phong cảnh hữu tình. Câu chuyện về cặp mãng xà quy y nơi cửa Phật càng khiến ngôi chùa này được phủ lên một lớp hào quang linh thiêng, huyền ảo...
